全基因組甲基化測序
技術(shù)簡(jiǎn)介
DNA 甲基化是一種非常重要的表觀(guān)遺傳修飾方式,在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類(lèi)腫瘤發(fā)生中起著(zhù)重要的作用。全基因組甲基化測序 (Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 是將重亞硫酸氫鹽處理方法與高通量測序平臺相結合,對有參考基因組物種的DNA 甲基化狀態(tài)進(jìn)行全基因組范圍內檢測,為眾多生物學(xué)過(guò)程、人類(lèi)健康與疾病的表觀(guān)遺傳機制研究提供強有力的技術(shù)手段。
技術(shù)路線(xiàn)
送樣建議
濃度(Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
≥15ng/μL | ≥50 μL | >100 ng | DNA無(wú)明顯降解,無(wú)雜質(zhì)污染 |
技術(shù)參數
全基因組甲基化測序 | 測序策略 | 數據量 | 周期 |
HiSeq2500/4000,PE150 | 30X | 50個(gè)工作日起 |
案例分析
單細胞WGBS 揭示細胞分化過(guò)程中的表觀(guān)遺傳調控[1]
研究背景
單細胞基因組測序和轉錄組測序熱潮技術(shù)加深了我們對細胞異質(zhì)性研究的認識,然而單細胞表觀(guān)基因組的研究我們卻知之甚少。
研究目的
本研究證實(shí)WGBS技術(shù)在小細胞群(μWGBS)和單細胞(scWGBS)異質(zhì)性表觀(guān)遺傳學(xué)研究中的應用的可行性,并且提供新的分析思路,為單細胞甲基化研究打下堅實(shí)基礎。
研究結果
通過(guò)對人和小鼠體內單細胞進(jìn)行WGBS研究,揭示細胞分化的異質(zhì)性和表觀(guān)遺傳修飾的相關(guān)性,并首次繪制人體細胞scWGBS的甲基化譜。
單細胞WGBS技術(shù)流程圖
參考文獻
[1]. Farlik, M. et al. Single-cell DNA methylome Sequencing and bioinformatic inference of epigenomic cell-state dynamics. Cell Rep , 2015, 10:1386-1397,doi:10.1016/j.celrep.2015.02.001 .
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