10x Genomics單細胞轉錄組測序

技術(shù)簡(jiǎn)介

基于Pacbio10x Genomics單細胞轉錄組測序以單個(gè)細胞為單位進(jìn)行檢測?；谖⒘骺丶夹g(shù)的單細胞文庫制備系統，可以同時(shí)獲得100-80,000以上的單細胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過(guò)測序實(shí)現對高通量單細胞數據進(jìn)行細胞群體的分類(lèi)以及細胞群體間基因表達的差異分析，是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。10X Genomics可應用的細胞類(lèi)型眾多，如腫瘤細胞、免疫細胞、干細胞、神經(jīng)細胞、生殖細胞、 胚胎細胞等。

技術(shù)路線(xiàn)（實(shí)驗+信息分析流程）

 送樣建議

 樣本類(lèi)型：細胞懸液，組織等

 應用領(lǐng)域

 發(fā)育生物學(xué)：神經(jīng)細胞發(fā)育研究、腦發(fā)育研究等。

 腫瘤方向：腫瘤細胞異質(zhì)性、腫瘤微環(huán)境、腫瘤耐藥性等。

 細胞方向:大規模細胞圖譜構建、細胞分化、稀有細胞類(lèi)型鑒定等。

 免疫方向：構建免疫圖譜、免疫細胞分化等。

 生物標志物/疾病分型

 ...

 案例分析

Cell Research： 通過(guò)單細胞RNA測序追蹤人類(lèi)胚胎中的第一個(gè)造血干細胞生成[1]

研究背景

迄今為止，追蹤人類(lèi)胚胎中的第一批造血干細胞（HSC）的出現，特別是其稀有和短暫的前體，是具有挑戰性的，主要是由于技術(shù)限制和材料稀缺性。

研究策略

本文對509個(gè)細胞進(jìn)行了良好的單細胞RNA測序（scRNA-seq），對11,440個(gè)細胞進(jìn)行了基于微滴的scRNA-seq測序（10X Chromium），從而首次構建了人類(lèi)胚胎中HSC生成的分子景觀(guān)。涵蓋了人類(lèi)胚胎發(fā)生過(guò)程中從內皮細胞到HSC轉換的整個(gè)過(guò)程。

圖1. 人類(lèi)胚胎單細胞測序分析

參考文獻

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.