普通單細胞轉錄組

技術(shù)簡(jiǎn)介

單細胞轉錄組測序（Single cell RNA sequencing）基于Illumina測序平臺，通過(guò)研究某個(gè)物種在特定狀態(tài)或者特定時(shí)期下單個(gè)細胞的mRNA，針對實(shí)際樣品信息采用靈活的差異分析策略可以找到生物體不同狀態(tài)單個(gè)細胞差異表達的mRNA，再通過(guò)軟件進(jìn)行功能注釋?zhuān)罱K可以得到單細胞在生物體中參與生命活動(dòng)的清晰生物信息圖譜。

技術(shù)路線(xiàn)

送樣建議

 1、新鮮組織分離單細胞，并保證細胞活性和形態(tài)完整，不要損傷細胞。

 2、分離的單細胞放入公司提供的裂解液中，每管裂解液用量為4ul，放入細胞時(shí)帶入緩沖液體積不要超過(guò)1ul。

 3、細胞數量：1-1000個(gè)細胞，重復單細胞樣本個(gè)數不少于5個(gè)。

 4、加入裂解液的單細胞盡快-80℃保存，避免反復凍融。

 技術(shù)參數

 案例分析

單細胞RNA-seq分析揭示了擬南芥雌配子體倍性依賴(lài)和細胞特異性轉錄組的變化[1]

研究背景

多倍體通常會(huì )導致細胞或生物體大小的增加，影響轉錄物的豐度或轉錄組的大小，但多倍體與轉錄組變化之間的關(guān)系仍不清楚。且植物細胞經(jīng)常進(jìn)行內復制，混淆多倍體效應。

研究目的

選擇發(fā)育穩定且無(wú)內復制的雌配子細胞，利用擬南芥四倍體系和等基因二倍體的單細胞RNA測序（scRNA-seq），研究多倍體對基因表達變化絕對水平的影響。

圖1. scRNA-seq分析揭示雌配子的基因表達模式

研究結果

與二倍體相比，四倍體植物中單個(gè)細胞（中央細胞、助細胞和卵細胞）的轉錄組豐度加倍，且與它們的細胞大小變化一致，而變化的程度與細胞大小的關(guān)系取決于細胞類(lèi)型。這些scRNA序列資源沒(méi)有交叉污染，對促進(jìn)植物雜交、生殖生物學(xué)和多倍體基因組學(xué)具有獨特的價(jià)值。

參考文獻

[1]. Qingxin Song, Atsumi Ando, Ning Jiang, et al. Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes[J]. Genome Biology, 2020, 21:178.