動(dòng)植物基因組重測序

技術(shù)簡(jiǎn)介

動(dòng)植物基因組重測序是在已知物種基因組的情況下，對物種內的不同個(gè)體進(jìn)行基因組重測序分析的技術(shù)。利用該技術(shù)，可以在全基因組水平上發(fā)現不同個(gè)體或組織細胞之間的差異，尋找變異 (SNP、Indel、SV等) ，實(shí)現遺傳進(jìn)化分析和重要性狀候選基因的篩選、預測。目前，全基因組重測序已經(jīng)成為動(dòng)植物育種和群體進(jìn)化研究的重要方法。

樣品要求

(1) 樣品類(lèi)型：無(wú)降解且無(wú)RNA污染的 DNA 樣品；

(2) 樣品需求量：≥2 μg；

(3) 樣品濃度：≥30 ng/μL；

(4) 樣品純度：OD260/280=1.8~2.0。

技術(shù)參數

推薦數據量

簡(jiǎn)單基因組：SNP、Indel：>10x， SV： >30x，CNV：>30x，外源插入序列：>20x，服務(wù)周期：標準分析 15 天

信息分析

(1) 原始測序數據質(zhì)量控制，包括去除接頭污染，N 含量較多和低質(zhì)量的 reads ；

(2) Clean data 與參考基因組比對分析；

(3) SNP、Indel、CNV、SV分析：檢測、注釋和統計。

高級信息分析

(1) 外源插入序列分析；

(2) 遺傳圖譜分析；

(3) BSA 性狀定位分析；

(4) 全基因組關(guān)聯(lián)分析；

(5) 群體進(jìn)化分析。

案例分析

基因組重測序揭示達爾文雀嘴的進(jìn)化^[1]

研究背景            

生活在加拉巴哥群島和科科斯群島的達爾文雀是一種新物種形成的形象模型。

研究目的

通過(guò)全基因組重測序技術(shù)揭示達爾文雀進(jìn)化過(guò)程中基因組差異變化。

研究結果

對120只達爾文雀進(jìn)行全基因組重測序，系統進(jìn)化分析揭示了達爾文雀的重要表型差異，并且發(fā)現種間基因流動(dòng)與輻射相關(guān)。

圖1.  基于所有的常染色體節點(diǎn)建立的達爾文雀進(jìn)化樹(shù)狀圖

參考文獻

[1]. Lamichhaney, S. et al. Evolution of Darwin's finches and their beaks revealed by genome sequencing. Nature 518, 371-375, doi:10.1038/nature14181 (2015).