人目標區域測序

技術(shù)簡(jiǎn)介

目標區域測序是利用高通量測序技術(shù)對目標基因進(jìn)行測序。對大量樣本進(jìn)行目標區域研究，可以發(fā)現和驗證疾病相關(guān)候選基因或相關(guān)位點(diǎn)，在臨床診斷、用藥指導和藥物開(kāi)發(fā)方面有著(zhù)巨大的應用潛力。

技術(shù)路線(xiàn)

送樣建議

技術(shù)參數

案例分析

全新的ctDNA檢測技術(shù)：癌癥個(gè)體化深度測序分析方法（CAPP-Seq）^[1]

研究背景            

癌癥個(gè)體化深度測序分析方法 (CAPP-Seq)，對非小細胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 檢測結果靈敏度高，特異性強且經(jīng)濟可行。

研究目的

利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作為"篩選器" (selector) 對樣本進(jìn)行靶向捕獲后再進(jìn)行深度測序。

研究結果

研究者從腫瘤基因突變數據庫 (COSMIC) 等來(lái)源找出與 NSCLC 復發(fā)突變相關(guān)的外顯子，再對來(lái)自腫瘤基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas) 數據庫的 407 位 NSCLC 患者全基因組測序結果進(jìn)行篩選，并應用迭代算法使篩選出的區域在充分覆蓋每個(gè)樣本的錯義突變的同時(shí)盡可能的精簡(jiǎn)。羅氏 NimbleGen 根據以上區域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library  靶向序列捕獲產(chǎn)品作為本次 CAPP-Seq 的"篩選器"，包含了 139 個(gè)相關(guān)基因的 521 個(gè)外顯子和 13 個(gè)內含子，共約 125kb。 NimbleGen "篩選器"有效的把測序區段濃縮到整個(gè)基因組大小的 0.004%， 使得后續超高深度測序得以實(shí)現。

圖1. CAPP-Seq 靈敏性和特異性分析

參考文獻

[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).