人全外顯子組測序

技術(shù)簡(jiǎn)介

全外顯子組測序是對人類(lèi)個(gè)體的血液或組織進(jìn)行全外顯子組水平的測序，并對個(gè)體或者群體樣本進(jìn)行生物信息學(xué)分析，能夠分析單核苷酸多態(tài)性 (SNPs)、插入、缺失 (InDel) 等外顯子水平變異類(lèi)型，為篩選致病基因、易感基因和致病位點(diǎn)提供數據支持，且對研究發(fā)病致病機制提供可靠信息。

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技術(shù)參數

案例分析

外顯子測序揭示12種癌癥類(lèi)型遺傳易感性^[1]

研究背景            

研究人員很早就知道，患癌的風(fēng)險一小部分是可遺傳的，一些遺傳性基因錯誤在某些腫瘤中則沒(méi)那么重要。

研究目的

本研究對 4034 個(gè)癌癥患者（包括12 種癌癥類(lèi)型）進(jìn)行測序分析，探索癌癥遺傳易感性。

研究結果

在114 個(gè)已知與癌癥相關(guān)的基因中，他們發(fā)現了存在于所有 12 種癌癥類(lèi)型中的一些罕見(jiàn)生殖系突變，但根據不同的癌癥類(lèi)型它們的突變頻率各異。研究聚焦在一種叫做截斷 (truncation) 突變的類(lèi)型上，因為大多數的截斷基因都不能發(fā)揮功能。研究人員還發(fā)現了在乳腺癌以外的一些腫瘤類(lèi)型中， BRCA1 和BRCA2 基因中具有相當多數量的生殖系截斷突變，例如包括胃癌和前列腺癌。這表明這兩種基因有可能與其他的癌癥類(lèi)型有關(guān)。研究人員調查了未知意義的 68 個(gè) BRCA1 基因生殖系非截斷突變，結果發(fā)現有 6 個(gè)突變的行為像截斷突變，使得基因完全喪失功能。這些突變也富集于腫瘤中，這表明它們有可能在癌癥中發(fā)揮 了作用。

圖1.    多癌種間少量遺傳和體細胞突變情況

參考文獻

Lu Charles,Xie Mingchao,Wendl Michael C et al. Patterns and functional implications of rare germline variants across 12 cancer types.[J] .Nat Commun, 2015, 6: 10086.