真菌基因組重測序

技術(shù)簡(jiǎn)介

真菌基因組重測序是對已知的真菌基因組進(jìn)行測序，并對個(gè)體或者群體樣品進(jìn)行分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數變異 (CNV) 等基因組變異類(lèi)型。主要應用于通過(guò)比較基因組分析挖掘動(dòng)植物病原真菌的關(guān)鍵致病因子、挖掘食用及藥用真菌主要功能基因、通過(guò)大樣本量的群體分析可得出物種進(jìn)化規律、地理分布規律等。

技術(shù)路線(xiàn)

送樣建議

技術(shù)參數

案例分析

基因組重測序技術(shù)揭示木質(zhì)腐生蘑菇遺傳多樣性^[1]

研究背景              

不同物種數量變化在于它們擁有的大量的遺傳多樣性。在真核細菌中普遍存在核酸多樣性以及核酸結構不同的現象。以裂褶菌為例探索核酸多樣性。

研究目的

通過(guò)全基因組測序技術(shù)研究裂褶菌核酸多樣性特征。

研究結果

比較分析 24 個(gè)裂褶菌單倍體基因型 (12 來(lái)自美國，12 來(lái)自歐洲的俄羅斯)，結果發(fā)現在美國同義位點(diǎn)的多樣性為 0.13，在俄羅斯的同義位點(diǎn)的多樣性是 0.20，異常高的核苷酸多樣性水平，也導致蛋白氨基酸水平的多樣性。利用 2 個(gè)母本和 17 個(gè)后代單倍體基因型的全基因組測序顯示突變率是非常高的，達到了每代每個(gè)堿基的突變率為 2.0×10-8 。高的多樣性是由其突變率升高引起的。

圖1. 裂褶菌基因多態(tài)性類(lèi)型

參考文獻

[1]. Baranova, M. A. et al. Extraordinary Genetic Diversity in a Wood Decay Mushroom. Mol Biol Evol 32, 2775-2783, doi:10.1093/molbev/msv153 (2015).