真菌基因組 de novo 測序
技術(shù)簡(jiǎn)介
真菌基因組通常較大且復雜，隨著(zhù)高通量測序技術(shù)的成熟，其通量高、準確率高、周期短的特點(diǎn)為真菌研究提供了強有力的支撐。真菌 de novo 測序主要應用于基于基因組數據進(jìn)行系統發(fā)育和進(jìn)化研究，研究真菌的生存機制，包括腐生、共生和寄生等，研究次級代謝產(chǎn)物的合成途徑，分析藥用活性物質(zhì)及與真菌毒素代謝相關(guān)的基因。
技術(shù)路線(xiàn)
送樣建議
| 文庫類(lèi)型 | 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| DNA 小片段文庫 (<800bp) | ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥1.5 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫 (2Kp) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫 (5-6K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
| DNA MP 文庫 (10K) | ≥110 ng/μL | ≥180 μL | ≥20 μg | DNA 無(wú)降解 |
技術(shù)參數
| 文庫類(lèi)型 | 測序策略 | 數據量 | 周期 |
| 真菌 Survey | 300bp 小片段文庫，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45 個(gè)自然日 |
| 真菌框架圖 | 300bp 小片段文庫，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 60 個(gè)自然日 |
| 真菌精細圖 | 270bp 小片段文庫，HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 90 個(gè)自然日 （包括 Survey 周期） |
| 2K+5K 大片段文庫，HiSeq/NovaSeq PE150 | |||
| 2K+5K+10K 大片段文庫，HiSeq/NovaSeq PE150 （基因組>100M） |
案例分析
de novo 測序闡述菌根真菌的生活進(jìn)化史[1]
研究背景
菌根真菌與植物之間建立相互有利、互為條件的生理整體，并各有形態(tài)特征，這是真核生物之間實(shí)現共生關(guān)系的典型代表。
研究目的
通過(guò) de novo測序闡述菌根真菌的生活進(jìn)化史。
研究結果
對13個(gè)外生菌根、蘭花以及石南屬植物，外加五個(gè)腐生菌進(jìn)行了測序。與其他的腐生菌相比，外生菌根菌編碼降解細胞壁的基因的組成較少，但是保留了降解細胞壁基因，這也就說(shuō)明了他們具有降解木質(zhì)素的能力。在共生體內，這些非同源的基因被誘導，編碼分泌型效應蛋白，菌根真菌通過(guò)共生的工具包（減少降解細胞壁基因和菌根誘導基因的系列特異性單元）達到趨同進(jìn)化。
圖1. 菌根共生體的進(jìn)化
參考文獻
[1]. Kohler, A. et al. Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nat Genet 47, 410-415, doi:10.1038/ng.3223 (2015).
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